Catedra Instrumente aerofone și de percuție și-a început activitatea în cadrul Conservatorului de Stat din Chișinău, înființat în anul 1940, fiind printre primele subdiviziuni care au început să funcționeze in cadrul acestei instituții. Prima persoană, care a ocupat funcția de șef catedră a fost Iosif Dailis (violonist și profesor), Clasa de flaut a fost condusă de Gheorghe Bodoi (artist al orchestrei simfonice a Filarmonica de Stat din Moldova), Clasa de clarinet era condusă de Gheorghe Herescu, iar instrumentele de alamă erau predate de directorul Conservatorului David Gherşfeld. În timpul războiului, Conservatorul și-a întrerupt activitatea iar o parte din studenți și profesori au fost evacuați în orașul Kokand (Uzbekistan), în Caucazul de Nord, în Saratov, Sverdlovsk și în alte localități.
Conservatorul și-a reînceput activitatea în vara anului 1944, iar șef al catedrei Instrumente de suflat și de percuție a fost numit David Gherşfeld, care conducea și clasa Instrumentelor de alamă. În luna septembrie, se restabilește la lucru Gheorghe Bodoi (clasa de flaut), iar în noiembrie este angajat la lucru ca pedagog la clasa de trompetă, compozitorul Simion Zlatov. Un alt întemeietor al învățământului muzical universitar a fost Nicolai Cerneatinski (1897-1961) – compozitor, dirijor de operă și de orchestră simfonică, acesta conducea clasa de clarinet în Conservator și Școala muzicală de 10 ani, de la 1martie 1945.
După cel de-al doilea război mondial, în luna august 1945, este invitat la catedra Instrumente de suflat și de percuție docentul Alexandr Drapman (1888–19??), în afară de clasa de corn, citea cursul de Organologie, Tehnica dirijorală, Metodica de predare la instrumente de suflat. Mai târziu, în octombrie 1948, Alexandr Drapman a fost numit șef catedră Instrumente de suflat și de percuție activând până la pensionare (1 februarie 1953). Dintre cei mai buni absolvenți ai săi îi putem numi pe Constantin Enenko și Timofei Gurtovoi (trombon). Următorul pedagog, care a început să lucreze la catedră în anul de învățământ 1945-1946, a fost Alexandru Diacenco (1878–1948), care s-a restabilit la Conservator în septembrie 1945 activând aici până la 7 iulie 1947.
Către anul 1946, la propunerea directorului Conservatorului David Gherşfeld au fost invitați pentru finisarea studiilor și angajare la lucru câteva persoane printre care: Grigore Şramko (oboi, fagot), Vasile Povzun (clarinet), Constantin Enenko (trombon), Vasilii Hatin (corn), G. Torpan (trompetă) și alții. Trei dintre aceștia –Grigori Şramko, Vasile Povzun și Constantin Enenko au constituit ulterior nucleul principal al catedrei Instrumente aerofone și de percuție pe parcursul mai multor ani.
În august 1946, la catedra Instrumente de suflat și de percuție, în calitate de profesor la clasa de flaut a fost angajat Filip Evdodienko. Printre absolvenții clasei lui au fost Vladimir Rotaru (compozitor, Maestru în arte), Alexei Evtodiev (Artist Emerit), Ion Zaharia (Artist al Poporului), Vasile Iovu (Artist al Poporului) ș.a. În anul 1965, lui Filip Evtodienco i-a fost conferit titlul de docent (conferențiar), ulterior acesta fiind primul muzician printre suflătorii din Republica Moldova care a fost distins cu titlul de profesor universitar (1985). În ianuarie 1947, Serghei Turilkin a fost numit în funcție de șef al catedrei Instrumente de suflat și de percuție, conferențiar (docent) la clasele trompetă și trombon, iar mai târziu (10 noiembrie 1948 − 1 februarie1953) catedra Instrumente de suflat și de percuție a fost condusă de docentul Alexandr Drapman.
La primul concurs din istoria Conservatorului (20 mai 1947) premiul II i-a fost decernat lui Lev Kiseleov – studentul anului I de la catedra Instrumente de suflat și de percuție (clasa clarinet a lui Vasile Povzun). În anul de studii 1946–1947, catedra Instrumente de suflat și de percuție a absolvit-o numai un singur diplomant – trombonistul Timofei Gurtovoi (clasa lui Serghei Turilkin) – viitorul prim-dirijor al orchestrei simfonice a Filarmonicii de Stat din Moldova, Artist al Poporului din URSS, laureat al Premiului de Stat al RSSM.
La 1 septembrie 1947 din cauza vârstei înaintate profesorul Alexandru Diacenco (clasa de trompetă) a fost înlocuit cu absolventul Conservatorului din Moscova G. Oganesean (trompetist, clasa profesorului Serghei Eriomin), care a lucrat la catedră cu mici întreruperi până la sfârșitul anului de studii 1948–1949. Un an mai târziu, în calitate de lector a fost angajat trompetistul A. Kalpinski care, anterior, a lucrat la conservatoarele din Baku, Leningrad, Taşkent, iar către 1 septembrie 1950 clasa de trompetă a catedrei Instrumente de suflat și de percuție era condusă Boris Davîdov (1911–1993) − fost absolvent al Conservatorului P.I. Ceaikovski din Moscova (clasa de trompetă a profesorului Serghei Eriomin). În 1950 au absolvit Conservatorul trei specialiști-suflători: clarinetistul – Mihail Caftanat, cornistul – Vasile Hatin și percuționistul – Gorislav Cerneatinski.
Gorislav Cerneatinski a fost unul dintre primii interpreți și profesori la instrumente de percuție în componența catedrei Instrumente de suflat și de percuție. Concomitent a lucrat în orchestra Teatrului de Operă și Balet , în Orchestra simfonică a Filarmonicii de Stat din Moldova, la Colegiul de Muzică ''Șt. Neaga''. Vasile Hatin este primul absolvent al catedrei Instrumente de suflat și de percuție, specialitatea corn. De la 1 septembrie 1952, Vasile Hatin a fost angajat la catedră în funcția de lector asociat, clasa de corn. Printre cei mai talentați absolvenți au fost laureații concursurilor republicane, actualmente artiști emeriți ai RSSM Valeri Ureche (solist în Orchestra simfonică a Filarmonicii de Stat ), Gheorghe Ichim (solist al Orchestrei de cameră a Filarmonicii de stat), Dmitrii Lucaci, Ion Talpă, de asemenea pedagogii Vasile Velicico (Liceul-internat Republican de Muzică ''S. Rahmaninov''), Mihail Dabija (Colegiul de muzică ''Șt. Neaga'') ș.a.
În februarie anului 1953, la funcția de șef catedră a fost numit Grigore Şramko, iar Vasile Povzun a fost numit în funcție de prorector al Conservatorului pentru activitatea științifică și didactică, iar de la 23 noiembrie 1953 îndeplinește funcția de rector al acestei instituții. În legătură cu aceasta, la clasa de clarinet temporar a fost invitat unul dintre cei mai buni absolvenți ai lui V. Povzun – Lev Kiseleov. În 1971 Eugen Verbețchi, l-a înlocuit pe docentul Grigore Şramko la postul de șef catedrei, activând în această funcție până în anul 2007. Au mai activat la această catedră N. Iordati – clarinet; I. Postovoi, E. Şabala – trompetă; I. Dabija – corn; I. Galcenco – trombon, F. Bazeliuc – tubă, P. Şikin – dirijat, B. Podjuc, V. Putilin – aranjamentul pentru fanfară. Din ziua deschiderii Conservatorului și până în anul 1980, catedra Instrumente de suflat și de percuție a educat și a pregătit 384 instrumentiști – 368 bărbați și 16 femei, inclusiv 110 la secția cu frecvență redusă. La postul de șef catedră în această perioadă au activat: Iosif Dailis, David Gherşfeld, S. Turilkin, A. Drapman, Grigore Şramko, Eugen Verbețchi, Pavel Usaci, Simion Duja, Anatol Cazac.
La 1 septembrie 2002, în baza reorganizării Universității de Stat a Artelor (înființat prin comasarea Academiei de Muzică G. Musicescu și a Institutului de Stat al Artelor în 1999) a fost instituită Academia de Muzică, Teatru și Arte Plastice. În anul 2019 cele două facultăți (FAVDPM și FAICM) au fost comasate, iar unele catedre unificate în departamente, cu statut de secții, cea de Instrumente aerofone și de percuție fiind condusă de Victor Tihoneac dr., lect. univ. În cadrul secției au activat următoarele cadre didactice titulare: Simion Duja – prof. univ., Artist al Poporului (clasa de clarinet), Gheorghe Ichim – conf. univ., Artist al Poporului (clasa de corn), Petru Hăruță – dr., lect. univ., Maestru în Artă (clasa de trompetă), Petru Iuriev – asist. univ., doctorand (clasa de oboi), Zoia Mihailova - lect. univ. (clasa de percuție), Ion Zaharia – prof. univ., Artist al Poporului (clasa de flaut). De asemenea, la secției au fost angajați următorii profesori, cumularzi: Oleg Cazacu – doctorand, lect. univ., Maestru în Artă, Anastasia Gusarova – dr., lect. univ.; Alexandru Juncu – asist. univ., Ivan Aculov – Artist Emerit, lect. univ., Radu Cazac – lect. univ., Dumitru Hanganu – doctorand, asist. univ., Alexei Litvin – lect. univ., Maestru în Artă, Sergiu Mușat – dr., lect. univ.; Ion Spătari – lect. univ., Artist Emerit; Valdimir Taran – dr., lect. univ., Maestru în artă; Sergiu Șveț – asist. univ. La 1 septembrie 2021, prin vot unanim, Senatul Academiei de Muzică, Teatru și Arte Plastice a votat excluderea din cadrul funcțiilor de conducere funcția de șef secție din cadrul departamentelor, astfel lichidând secția Instrumente aerofone și de percuție, iar instruirea studenților urmând a fi realizată în cadrul departamentului Instrumente orchestrale.